數據非(fei)依賴性的掃描模(mo)式（Date-independent acquisition,DIA）是近幾年發展的(de)(de)一種(zhong)新(xin)的(de)(de)質譜數據(ju)采集方式。在肽段(duan)進入質譜進行第(di)一次m/z掃描后，所有選定m/z范圍內的母離子全部(bu)碎裂，然后在串聯質(zhi)譜中進行子離子的第二次m/z掃描。根據第(di)一次m/z掃(sao)描得到母離(li)子的(de)(de)峰強度(du)信(xin)息，只選擇幾個信(xin)號強度(du)最(zui)高的(de)(de)母離(li)子進行碎裂，選擇性的(de)(de)采集會(hui)帶來(lai)檢測的(de)(de)隨機性和不完整(zheng)性。DIA相較(jiao)于DDA技術定量的特異(yi)性高，定量精度更(geng)高，更(geng)好(hao)的重現性；更(geng)適合(he)于大樣本量定量蛋白質組。
技術優勢
(1)更符合樣(yang)本(ben)真實蛋白(bai)表達結果(guo)：更全(quan)面和權威的數據庫和軟件，同一(yi)樣(yang)本(ben)能鑒(jian)定(ding)到更多的蛋白(bai)質種類；
(2)更專(zhuan)業的(de)生信團隊，具(ju)有多年的(de)蛋(dan)白組學分析(xi)經驗，能提(ti)供各種個性化(hua)的(de)高(gao)級分析(xi)。
技術流程
信息分析
生信分析總流程
標準信息分析
（1）數(shu)據質控
主(zhu)成分分析
譜圖信(xin)息
蛋(dan)白質定量(liang)
（2）定(ding)性(xing)
蛋白GO/Pathway注釋分(fen)析
蛋白(bai)KOG/COG注釋分析
蛋白亞細(xi)胞定位
TF預測
（3）定量(liang)
相關性分析(xi)
強度(du)箱(xiang)線圖分(fen)析
（4）差(cha)異及富集分析
差異蛋白KOG/COG富集分析
差(cha)異蛋(dan)白GO/Pathway富集(ji)分析
分析結果示例
蛋白強度(du)密(mi)度(du)箱線圖
蛋白強度轉換(huan)熱圖
PCA圖
蛋白亞細胞(bao)定(ding)位統(tong)計圖
差(cha)異蛋白(bai)熱圖
差異蛋白火山圖
pathway分類條(tiao)形圖
GO功能分類(lei)條形圖(tu)
差異蛋白參與代謝(xie)通路圖
案例分析
案例（1）HSCC化療多藥耐藥分子標記:高通量液相色譜-串聯質譜蛋白質組學篩選
本研究采用液相色譜-串(chuan)聯(lian)質(zhi)譜LC-MS對50例(li)下(xia)咽鱗狀細胞癌（HSCC）臨床(chuang)樣本(ben)(ben)進行DIA蛋白組學篩選，并在HSCC樣本(ben)(ben)中共鑒定出(chu)673個差異表(biao)達蛋白，其中172個上調，501個下(xia)調。臨床(chuang) HSCC 樣本(ben)(ben)的 FADD 表(biao)達顯著升高，RIPK1 表(biao)達顯著降低。化(hua)療敏(min)感(gan)組FADD和RIPK1蛋白的表(biao)達明顯降低。揭示出(chu)FADD 和 RIPK1 可作為 HSCC 患者化(hua)療 MDR 的分(fen)子標志物(wu)，可能通過壞死性(xing)凋亡和 PRR 信(xin)號通路(lu)發揮(hui)作用(yong)。
圖(tu)1 差異蛋白熱圖
圖2 差異蛋白富集分析柱(zhu)狀圖
圖3 差異(yi)蛋白PPI圖
案(an)例（2）ACOX2作為肝細胞癌(ai)的預后標志物，可通過PPARα通路阻(zu)礙肝細(xi)胞癌的(de)進展
本研究通過對24對人(ren)類(lei)肝(gan)癌和癌旁組(zu)(zu)織進行(xing)(xing)DIA蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白組(zu)(zu)學篩(shai)選，探(tan)索ACOX2在(zai)肝(gan)癌中的作用(yong)機制(zhi)。結果(guo)顯(xian)示，1029種蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質具(ju)有顯(xian)著(zhu)差(cha)異(yi)，且(qie)將這些顯(xian)著(zhu)差(cha)異(yi)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質與癌癥基因(yin)圖譜(pu)中差(cha)異(yi)表(biao)達基因(yin)進行(xing)(xing)比較、在(zai)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質-蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白質相互作用(yong)進行(xing)(xing)分析，發現(xian)ACOX2作為關鍵候選基因(yin)，其過表(biao)達并通過PPARα通路減少(shao)了(le)肝(gan)癌在(zai)體(ti)外和體(ti)內(nei)的增殖和轉(zhuan)移阻礙肝(gan)癌的發展。
圖(tu)4 A:肝細胞癌和配對(dui)的(de)相鄰正常樣(yang)本中蛋白質(zhi)表達的(de)OPLS-DA 分析;B：顯(xian)著表達(da)差異蛋白(bai)火山圖；C：差異(yi)表達蛋(dan)白聚(ju)類熱圖(tu)
[1] Shen B, Dong X, Yuan B, et al. Molecular Markers of MDR of Chemotherapy for HSCC: Proteomic Screening With High-Throughput Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry[J]. Frontiers in Oncology, 2021, 11:687320.
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