CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是替換傳統的ChIP-Seq用(yong)以研(yan)(yan)究DNA與(yu)蛋(dan)白(bai)互(hu)作(zuo)的革新技(ji)術(shu)。在實驗過程(cheng)中無需甲(jia)醛交(jiao)聯、超聲打斷(duan)、末端修復和連(lian)接接頭等(deng)操作(zuo)，通過對細胞預處理、免疫共沉(chen)淀、文(wen)庫構建(jian)等(deng)關鍵過程(cheng)進行(xing)技(ji)術(shu)改進，對ChIP-Seq技(ji)術(shu)進行(xing)全(quan)面革新，成(cheng)為DNA-蛋(dan)白(bai)互(hu)作(zuo)研(yan)(yan)究的最佳(jia)選擇。
技術路線
實測數據
技術優勢
1.無需甲醛交聯(lian)，去交聯(lian)、DNA打斷(duan)、標(biao)記，實驗周期(qi)更短；
2.信噪比(bi)更高，細胞需求量(liang)大(da)大(da)降低(di)；
3.重(zhong)復性(xing)好，信號富集強；
4.能對極少量(liang)細胞甚至單細胞進行分析。
技術應用
1.蛋白質-DNA互作研究；
2.檢測基因組上的組蛋白修飾，鑒定超級增強子；
3.檢測基因組的開放染色質，鑒定轉錄因子結合圖譜；
4.繪制核小體，RNAPII等蛋白的染色質圖譜。
案例解析
ATAC-seq + CUT&Tag聯合應用，揭示腫瘤免疫逃逸新機制:
2020年1月13日，北京大學系統生物醫學研究所尹玉新課題組在國際免疫學領域期刊Nature immunology（IF：23.53）在線發表了題為The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity[1]的研究論文，采用ATAC-seq和 CUT&Tag測序，揭示了磷酸酶PAC1作為T淋巴細胞功能抑制因子，減弱宿主細胞免疫監視功能，促進腫瘤免疫逃逸的作用機制；抑制PAC1通路，可以激活T淋巴細胞的防御功能。該研究利用ATAC-seq數據得到染色質開放性的動態變化，聯合CUT&Tag或ChIP-seq（DNA-蛋白質互作研究金標準）分析，進一步明確調控某一生物學過程的關鍵因子（包括順式調控元件和轉錄因子等）的作用方式，為腫瘤治療提供了潛在的新型藥物靶點，具有重要意義。
PAC1在ROS介導的腫瘤浸潤淋巴細胞功能障礙中的作用模型
[1]Dan Lu, Liu L, Sun Y, Song J, Yin Q, Zhang G, Qi F, Hu Z, Yang Z, Zhou Z, Hu Y, Zhang L, Ji J, Zhao X, Jin Y, McNutt MA, Yin Y. The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity. Nat Immunol. 2020 Mar;21(3):287-297. doi: 10.1038/s41590-019-0577-9. Epub 2020 Jan 13. PMID: 31932812.
