單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu) 單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)是在(zai)單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)水平對全(quan)(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)進(jin)行擴增(zeng)與(yu)(yu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)的(de)(de)(de)(de)一項新技(ji)術(shu)(shu)。其(qi)原理是將分(fen)離(li)的(de)(de)(de)(de)單(dan)(dan)個(ge)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)微量全(quan)(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)DNA進(jin)行擴增(zeng)，獲得高(gao)(gao)覆(fu)蓋率的(de)(de)(de)(de)完整的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)之后進(jin)行高(gao)(gao)通(tong)量測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)，用(yong)于(yu)揭示細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群體(ti)差異(yi)和(he)(he)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)進(jin)化關(guan)系。全(quan)(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)的(de)(de)(de)(de)應用(yong)范(fan)圍涉及(ji)(ji)臨床醫(yi)(yi)藥研(yan)(yan)究(jiu)、群體(ti)遺傳(chuan)學(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)、關(guan)聯分(fen)析(xi)、進(jin)化分(fen)析(xi)等眾(zhong)多(duo)領域。 1、實驗方案 測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)策略：Illumina HiSeq X PE 150 數(shu)(shu)據量：推薦30~50×測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)深度 2、技(ji)術(shu)(shu)優勢(shi) （1） 多(duo)種(zhong)(zhong)變(bian)(bian)(bian)異(yi)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)：單(dan)(dan)核苷酸多(duo)態性(xing)（SNP）、插入缺(que)失（InDel）和(he)(he)結構(gou)變(bian)(bian)(bian)異(yi)（SV）； （2） 與(yu)(yu)芯片方法比(bi)(bi)(bi)較，可以(yi)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)到新的(de)(de)(de)(de)變(bian)(bian)(bian)異(yi)序(xu)列； （3）與(yu)(yu)人類全(quan)(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)從(cong)頭測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)相比(bi)(bi)(bi)，耗時更(geng)短、成本更(geng)低。 3、數(shu)(shu)據分(fen)析(xi) 3.1 標準信息分(fen)析(xi) （1）按標準流(liu)程進(jin)行數(shu)(shu)據整理及(ji)(ji)數(shu)(shu)據質量評(ping)估； （2）與(yu)(yu)參考基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)比(bi)(bi)(bi)對； （3）SNP的(de)(de)(de)(de)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)其(qi)在(zai)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)布(bu)； （4）InDel的(de)(de)(de)(de)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)其(qi)在(zai)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)布(bu)； （5）CNV的(de)(de)(de)(de)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)其(qi)在(zai)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)布(bu)； （6）包含變(bian)(bian)(bian)異(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)功能注(zhu)(zhu)釋(shi)（GO注(zhu)(zhu)釋(shi)、Pathway注(zhu)(zhu)釋(shi)）。 3.2 高(gao)(gao)級(ji)信息分(fen)析(xi)（腫瘤基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)學(xue)(xue)） （1）癌基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)/抑癌基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)/易感基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)篩查； （2）高(gao)(gao)頻突(tu)變(bian)(bian)(bian)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)統計及(ji)(ji)通(tong)路(lu)富(fu)集分(fen)析(xi)； （3）NMF突(tu)變(bian)(bian)(bian)特征及(ji)(ji)突(tu)變(bian)(bian)(bian)頻率分(fen)析(xi)； （4）NovoDriver已知驅動基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)篩選； （5）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)變(bian)(bian)(bian)異(yi)Circos圖展示。 4、技(ji)術(shu)(shu)流(liu)程 5、案例分(fen)析(xi) 案例（1） 單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)解構(gou)正常成人大腦(nao)的(de)(de)(de)(de)單(dan)(dan)個(ge)神(shen)經(jing)元(yuan)突(tu)變(bian)(bian)(bian) 來自霍華德休斯醫(yi)(yi)學(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)所的(de)(de)(de)(de)（HHMI）的(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)究(jiu)人員(yuan)從(cong)三位去世的(de)(de)(de)(de)成人捐贈(zeng)的(de)(de)(de)(de)健康(kang)大腦(nao)中(zhong)(zhong)(zhong)分(fen)離(li)出了(le)36個(ge)神(shen)經(jing)元(yuan)并測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)了(le)它們的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)。為了(le)進(jin)行比(bi)(bi)(bi)較，科(ke)學(xue)(xue)家們還從(cong)每個(ge)個(ge)體(ti)的(de)(de)(de)(de)心臟中(zhong)(zhong)(zhong)分(fen)離(li)出了(le)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)進(jin)行DNA測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)。他們發現每個(ge)神(shen)經(jing)元(yuan)的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)都是獨特的(de)(de)(de)(de)。每個(ge)神(shen)經(jing)元(yuan)都有(you)1000多(duo)個(ge)點突(tu)變(bian)(bian)(bian)，只有(you)少數(shu)(shu)突(tu)變(bian)(bian)(bian)出現在(zai)一個(ge)以(yi)上的(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)。盡管神(shen)經(jing)元(yuan)中(zhong)(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)大多(duo)數(shu)(shu)突(tu)變(bian)(bian)(bian)是獨特的(de)(de)(de)(de)，一小部分(fen)出現在(zai)了(le)多(duo)個(ge)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)。這(zhe)表明(ming)了(le)這(zhe)些突(tu)變(bian)(bian)(bian)起源于(yu)腦(nao)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)仍在(zai)分(fen)裂(lie)之時——這(zhe)一過(guo)程在(zai)出生前便(bian)完成。這(zhe)些早期突(tu)變(bian)(bian)(bian)隨細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)分(fen)裂(lie)和(he)(he)遷(qian)移傳(chuan)遞下去，科(ke)學(xue)(xue)家們能夠利用(yong)它們來重建部分(fen)大腦(nao)發育史(shi)。 圖1 腦(nao)中(zhong)(zhong)(zhong)體(ti)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)SNV位點與(yu)(yu)神(shen)經(jing)系統功能和(he)(he)疾病相關(guan) 案例（2） 一種(zhong)(zhong)新的(de)(de)(de)(de)單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)方法-組(zu)合索引測(ce)(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu) 單(dan)(dan)細(xi)(xi)(xi)...
Exosome lncRNA測(ce)(ce)序 Exosome作為活細胞分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)泌(mi)的(de)(de)(de)(de)(de)含有RNA和(he)(he)(he)(he)蛋白質的(de)(de)(de)(de)(de)微(wei)囊，大小為30-100nm，廣泛分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)布于外(wai)周血(xue)、尿液(ye)(ye)、唾液(ye)(ye)、腹水(shui)、羊水(shui)等(deng)(deng)多種(zhong)體(ti)液(ye)(ye)中(zhong)。最(zui)新(xin)(xin)研(yan)究(jiu)表(biao)(biao)明，體(ti)液(ye)(ye)中(zhong) exosomal RNA （特別(bie)是miRNA、piRNA和(he)(he)(he)(he)lncRNA等(deng)(deng)非(fei)編碼RNA）在(zai)不同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)疾(ji)病(bing)(bing)模(mo)(mo)型中(zhong)存在(zai)明顯(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)表(biao)(biao)達(da)差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)。同(tong)時，這些(xie)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)子(zi)被(bei)exosomes的(de)(de)(de)(de)(de)脂膜所包裹和(he)(he)(he)(he)保(bao)護，能保(bao)持其原有穩定性(xing)和(he)(he)(he)(he)生物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)學功能，有望成(cheng)為液(ye)(ye)體(ti)活檢(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)重(zhong)要(yao)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)子(zi)標志(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)。 通(tong)過(guo)exosome lncRNA測(ce)(ce)序技(ji)術(shu)(shu)，可以開發針對復(fu)雜疾(ji)病(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)無創早期檢(jian)測(ce)(ce)標志(zhi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)；指導針對復(fu)雜疾(ji)病(bing)(bing)特別(bie)是腫瘤(liu)的(de)(de)(de)(de)(de)個性(xing)化(hua)治療(liao)；用于疾(ji)病(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)預后判斷，特別(bie)是循環系統疾(ji)病(bing)(bing)和(he)(he)(he)(he)腫瘤(liu)。 華銀采用全球領先的(de)(de)(de)(de)(de)exosome RNA富集和(he)(he)(he)(he)提取(qu)技(ji)術(shu)(shu)，并結(jie)合(he)微(wei)量(liang)(liang)(liang)RNA建庫和(he)(he)(he)(he)高(gao)通(tong)量(liang)(liang)(liang)測(ce)(ce)序技(ji)術(shu)(shu)，提供exosome lncRNA研(yan)究(jiu)整體(ti)解決方案(an)，為廣大的(de)(de)(de)(de)(de)生物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)醫學研(yan)究(jiu)者提供最(zui)高(gao)質量(liang)(liang)(liang)的(de)(de)(de)(de)(de)技(ji)術(shu)(shu)服務。 1、實(shi)驗(yan)方案(an) 測(ce)(ce)序策略(lve)：Illumina NextSeq 500 或(huo) HiSeq 3000 PE150 數據(ju)量(liang)(liang)(liang)：推薦12G clean data 2、技(ji)術(shu)(shu)優勢 （1）任(ren)意物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)種(zhong)檢(jian)測(ce)(ce)：相(xiang)對傳(chuan)統芯片而言，無需(xu)預先設計特異(yi)(yi)性(xing)探(tan)針，因(yin)(yin)(yin)此(ci)無需(xu)了解物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)種(zhong)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)或(huo)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)信(xin)(xin)息，能夠(gou)直(zhi)接對任(ren)何物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)種(zhong)進行最(zui)全面(mian)的(de)(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （2）分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)辨率高(gao)：可以檢(jian)測(ce)(ce)轉(zhuan)錄(lu)本中(zhong)單堿基(ji)(ji)(ji)的(de)(de)(de)(de)(de)差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)； （3）檢(jian)測(ce)(ce)范圍廣：從幾個到數十萬個拷貝精確計數，可同(tong)時鑒定正常和(he)(he)(he)(he)稀有的(de)(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)錄(lu)本； （4）信(xin)(xin)息分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)廣：可以做(zuo)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)、可變剪切、融合(he)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)；新(xin)(xin)轉(zhuan)錄(lu)本預測(ce)(ce)及注(zhu)釋(shi)。 3、數據(ju)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) 3.1 標準信(xin)(xin)息分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （1）數據(ju)過(guo)濾及質量(liang)(liang)(liang)評估 （2）核糖體(ti)RNA去(qu)除(chu)率計算 （3）比對參考基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)及統計 （4）基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)表(biao)(biao)達(da)水(shui)平分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （5）基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)表(biao)(biao)達(da)差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)及聚類分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （6）差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)KEGG生物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)通(tong)路富集分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（僅限于模(mo)(mo)式(shi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)種(zhong)） （7）差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)GO功能富集分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（僅限于模(mo)(mo)式(shi)物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)種(zhong)） （8）已知(zhi)(zhi)mRNA表(biao)(biao)達(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （9）已知(zhi)(zhi)mRNA差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)及聚類分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （10）已知(zhi)(zhi)lncRNA表(biao)(biao)達(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （11）已知(zhi)(zhi)lncRNA差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)及聚類分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （12）預測(ce)(ce)新(xin)(xin)lncRNA （13）新(xin)(xin)lncRNA鑒定和(he)(he)(he)(he)表(biao)(biao)達(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （14）新(xin)(xin)lncRNA差(cha)(cha)(cha)(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)及聚類分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （15）新(xin)(xin)lncRNA家族分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （16）SNP和(he)(he)(he)(he)Indel檢(jian)測(ce)(ce)與注(zhu)釋(shi) （17）生物(wu)(wu)(wu)(wu)(wu)學重(zhong)復(fu)樣品間相(xiang)關(guan)性(xing)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （18）蛋白互作網絡分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （19）基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)融合(he) （20）主成(cheng)份(fen)...
Exosome miRNA測(ce)(ce)(ce)序 Exosome是由活細(xi)(xi)胞分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)泌的(de)含(han)有(you) RNA 和(he)蛋(dan)白質的(de)微囊，大(da)小(xiao)為(wei)30-100nm。幾乎所有(you)類(lei)(lei)型的(de)細(xi)(xi)胞都能(neng)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)泌，廣泛(fan)存在于各種體液中(zhong)，包(bao)括血清(qing)(qing)、尿(niao)液、細(xi)(xi)胞培(pei)養上清(qing)(qing)、乳汁、唾液、腹水、羊水、氣管肺(fei)泡灌洗(xi)液和(he)關節滑液等。Exosome參與(yu)(yu)調控重(zhong)要的(de)細(xi)(xi)胞生理(li)(li)活動，在免疫應答、凋亡、血管生成、炎癥反應、凝結過程(cheng)中(zhong)的(de)作用均有(you)報(bao)道，可以成為(wei)多種疾(ji)病(bing)的(de)早期診(zhen)斷標(biao)記(ji)物，也(ye)能(neng)作為(wei)靶(ba)(ba)向(xiang)藥(yao)物的(de)載體進行(xing)疾(ji)病(bing)治療。 Small RNA是一類(lei)(lei)高(gao)(gao)度(du)保守的(de)小(xiao)RNA分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)子(zi)(zi)，它可以參與(yu)(yu)基(ji)(ji)因表達(da)與(yu)(yu)調控、RNA的(de)加工與(yu)(yu)剪切、蛋(dan)白質翻譯、遺傳(chuan)“入侵”抑(yi)制、配(pei)子(zi)(zi)發(fa)生等重(zhong)要生物學過程(cheng)，是生命活動中(zhong)必不可少的(de)調控因子(zi)(zi)。小(xiao)RNA測(ce)(ce)(ce)序技(ji)(ji)術采用膠分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)離(li)技(ji)(ji)術，收集樣(yang)(yang)本中(zhong)18~30nt的(de)RNA片段，利用高(gao)(gao)通(tong)量(liang)測(ce)(ce)(ce)序技(ji)(ji)術對樣(yang)(yang)本中(zhong)所有(you)small RNA家族進行(xing)測(ce)(ce)(ce)序和(he)表達(da)定(ding)量(liang)，從而解析(xi)(xi)miRNA 、siRNA 、piRNA 其(qi)它非編碼RNA等序列，并預(yu)測(ce)(ce)(ce)新的(de)小(xiao)RNA及其(qi)靶(ba)(ba)基(ji)(ji)因。 1、實(shi)驗方案(an) 測(ce)(ce)(ce)序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shu)(shu)據(ju)量(liang)： 推薦10M clean reads 2、技(ji)(ji)術優勢 通(tong)量(liang)高(gao)(gao)：一次測(ce)(ce)(ce)序得到(dao)上千(qian)萬條序列； 分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)辨率高(gao)(gao)：可以檢(jian)測(ce)(ce)(ce)小(xiao)RNA單個堿(jian)基(ji)(ji)的(de)差(cha)異(yi)； 精準度(du)高(gao)(gao)：從幾個到(dao)幾十(shi)萬個拷(kao)貝精確計(ji)數(shu)(shu)； 可重(zhong)復(fu)性(xing)好：深度(du)測(ce)(ce)(ce)序保證了抽(chou)樣(yang)(yang)隨機性(xing)，重(zhong)復(fu)性(xing)好，無需重(zhong)復(fu)實(shi)驗； 檢(jian)測(ce)(ce)(ce)范圍廣：既能(neng)鑒(jian)定(ding)已(yi)(yi)知小(xiao)RNA，又能(neng)發(fa)現新的(de)小(xiao)RNA。 3、數(shu)(shu)據(ju)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) 3.1 標(biao)準信息分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （1）按(an)標(biao)準流程(cheng)進行(xing)數(shu)(shu)據(ju)整理(li)(li)及數(shu)(shu)據(ju)質量(liang)評(ping)估(gu)； （2）樣(yang)(yang)品間(jian)的(de)公共序列和(he)特異(yi)序列分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （3）小(xiao)RNA與(yu)(yu)參考(kao)基(ji)(ji)因組(zu)比對分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （4）按(an)照優先(xian)級將小(xiao)RNA進行(xing)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)類(lei)(lei)注(zhu)(zhu)釋(shi)(shi)(shi) （5）Novel Small RNA預(yu)測(ce)(ce)(ce)； （6）樣(yang)(yang)本間(jian)miRNA差(cha)異(yi)表達(da)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （7）已(yi)(yi)知miRNA的(de)家族分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （8）已(yi)(yi)知miRNA差(cha)異(yi)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（≥2個樣(yang)(yang)本）和(he)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（≥3個樣(yang)(yang)本）； （9）已(yi)(yi)知miRNA和(he)novel miRNA的(de)靶(ba)(ba)基(ji)(ji)因預(yu)測(ce)(ce)(ce)； （10）已(yi)(yi)知miRNA和(he)novel miRNA的(de)靶(ba)(ba)基(ji)(ji)因GO注(zhu)(zhu)釋(shi)(shi)(shi)和(he)KEGG通(tong)路分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； （11）novel miRNA差(cha)異(yi)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（≥2個樣(yang)(yang)本）和(he)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（≥3個樣(yang)(yang)本）； （12）差(cha)異(yi)miRNA靶(ba)(ba)基(ji)(ji)因預(yu)測(ce)(ce)(ce)； （13）已(yi)(yi)知miRNA的(de)堿(jian)基(ji)(ji)編輯分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)； 3.2 高(gao)(gao)級信息分(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi) （1）snoRNA注(zhu)(zhu)釋(shi)(shi)(shi) （2）piRNA注(zhu)(zhu)釋(shi)(shi)(shi) （3）mir2disease注(zhu)(zhu)釋(shi)(shi)(shi) 4、技(ji)(ji)術流程(cheng) 5...
LncRNA測(ce)(ce)序 長(chang)鏈非編碼 RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一類(lei)(lei)長(chang)度在200nt以(yi)上且不編碼蛋白(bai)質(zhi)的RNA，以(yi)帶polyA尾和(he)不帶polyA尾兩種(zhong)形式廣(guang)(guang)泛存在于各種(zhong)生(sheng)物(wu)體內(nei)，參與(yu)細胞內(nei)多(duo)種(zhong)過程(cheng)調(diao)控，具有跨物(wu)種(zhong)的低保守性，組(zu)(zu)織特(te)異(yi)性表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)和(he)豐度低等(deng)特(te)點(dian)。 近年(nian)來的研(yan)究(jiu)表(biao)(biao)(biao)明，lncRNA參與(yu)了(le)X染色(se)(se)體沉默、基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)印記、染色(se)(se)質(zhi)修飾、轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)激活、轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)干擾和(he)核內(nei)運輸等(deng)多(duo)種(zhong)重要的調(diao)控過程(cheng)，但絕大部分(fen)(fen)(fen)lncRNA的功能目(mu)前仍不清楚。應用高(gao)通量(liang)(liang)(liang)測(ce)(ce)序技(ji)(ji)術，研(yan)究(jiu)人(ren)員(yuan)能夠快速獲得與(yu)疾(ji)病(bing)或(huo)(huo)者特(te)定生(sheng)物(wu)學過程(cheng)相(xiang)關(guan)的lncRNA 并進(jin)行(xing)深(shen)入研(yan)究(jiu)。 1、實驗方案 測(ce)(ce)序策略：Illumina NextSeq 500或(huo)(huo)HiSeq 3000 PE150 數據量(liang)(liang)(liang)：推(tui)薦12G clean data 2、技(ji)(ji)術優勢 （1）任(ren)(ren)意物(wu)種(zhong)檢(jian)(jian)(jian)測(ce)(ce)：相(xiang)對傳統(tong)芯片而言，無(wu)需(xu)預(yu)先(xian)設計(ji)特(te)異(yi)性探針，因(yin)(yin)此無(wu)需(xu)了(le)解物(wu)種(zhong)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)或(huo)(huo)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)信息(xi)，能夠直接(jie)對任(ren)(ren)何(he)物(wu)種(zhong)進(jin)行(xing)最全面的轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)組(zu)(zu)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)； （2）分(fen)(fen)(fen)辨(bian)率(lv)高(gao)：可(ke)以(yi)檢(jian)(jian)(jian)測(ce)(ce)轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)本中單(dan)堿(jian)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)的差(cha)(cha)異(yi)； （3）檢(jian)(jian)(jian)測(ce)(ce)范圍廣(guang)(guang)：從幾個(ge)到數十萬個(ge)拷(kao)貝精確計(ji)數，可(ke)同(tong)時(shi)鑒(jian)定正常(chang)和(he)稀(xi)有的轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)本； （4）信息(xi)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)廣(guang)(guang)：可(ke)以(yi)做基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)差(cha)(cha)異(yi)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)、可(ke)變剪切、融合基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)；新(xin)轉(zhuan)錄(lu)(lu)(lu)本預(yu)測(ce)(ce)及(ji)注(zhu)釋。 3、 數據分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) 3.1 標準信息(xi)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （1）數據過濾及(ji)質(zhi)量(liang)(liang)(liang)評估(gu) （2）核糖體RNA去除率(lv)計(ji)算(suan) （3）比對參考(kao)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)及(ji)統(tong)計(ji) （4）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)水平分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （5）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)差(cha)(cha)異(yi)及(ji)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （6）差(cha)(cha)異(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)KEGG生(sheng)物(wu)通路富(fu)集(ji)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)（僅限于模(mo)式物(wu)種(zhong)） （7）差(cha)(cha)異(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)GO功能富(fu)集(ji)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)（僅限于模(mo)式物(wu)種(zhong)） （8）已知mRNA表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （9）已知mRNA差(cha)(cha)異(yi)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)及(ji)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （10）已知lncRNA表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （11）已知lncRNA差(cha)(cha)異(yi)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)及(ji)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （12）預(yu)測(ce)(ce)新(xin)lncRNA （13）新(xin)lncRNA鑒(jian)定和(he)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)量(liang)(liang)(liang)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （14）新(xin)lncRNA差(cha)(cha)異(yi)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)及(ji)聚類(lei)(lei)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （15）新(xin)lncRNA家族分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （16）SNP和(he)InDel檢(jian)(jian)(jian)測(ce)(ce)與(yu)注(zhu)釋 （17）生(sheng)物(wu)學重復樣品間相(xiang)關(guan)性分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （18）蛋白(bai)互(hu)作(zuo)網絡(luo)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （19）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)融合 （20）主成份(fen)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)（PCA） （21）特(te)征性差(cha)(cha)異(yi)表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （22）lncRNA保守性分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （23）可(ke)變剪切 3.2 高(gao)級分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) （1）已知mRNA-lncRNA共表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)網絡(luo)構建(jian) （2）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)結構優化(hua)及(ji)優化(hua)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的表(biao)(biao)(biao)達(da)(da)(da)(da)值計(ji)算(suan) （3）eQTL分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi) 4、技(ji)(ji)...
轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu) 轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)是利用(yong)第二代高(gao)(gao)通量(liang)測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)技(ji)術(shu)(shu)快速(su)獲取(qu)某一物(wu)種特(te)(te)定器官或(huo)(huo)組(zu)織在某一狀態下幾乎所(suo)有(you)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)的(de)(de)(de)序(xu)(xu)列信息，進(jin)行(xing)疾病與(yu)正常樣本(ben)(ben)間(jian)(jian)的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)達(da)(da)差(cha)異(yi)(yi)分(fen)(fen)(fen)析(xi)、可變(bian)剪(jian)切和融(rong)(rong)合基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)析(xi)，尋找(zhao)與(yu)癌(ai)癥(zheng)、遺傳(chuan)(chuan)(chuan)病相(xiang)(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)致病基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)，已(yi)廣泛應用(yong)于(yu)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)礎研(yan)究、臨床診斷和藥物(wu)研(yan)發等領(ling)域。相(xiang)(xiang)對(dui)于(yu)傳(chuan)(chuan)(chuan)統芯(xin)片而言(yan)，無(wu)需預先設(she)計特(te)(te)異(yi)(yi)性探(tan)針，具有(you)分(fen)(fen)(fen)辨率高(gao)(gao)、檢(jian)測(ce)(ce)(ce)范圍(wei)廣和準(zhun)確(que)率高(gao)(gao)的(de)(de)(de)優點。 1、實驗(yan)方(fang)案(an)(an) 測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)策略：Illumina NextSeq 500或(huo)(huo)HiSeq 3000 PE150 數(shu)據(ju)量(liang)：推薦8G clean data，細(xi)菌和真菌視轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)大小(xiao)情(qing)況而定 2、技(ji)術(shu)(shu)優勢(shi) （1）任意物(wu)種檢(jian)測(ce)(ce)(ce)：相(xiang)(xiang)對(dui)于(yu)傳(chuan)(chuan)(chuan)統芯(xin)片而言(yan)，無(wu)需預先設(she)計特(te)(te)異(yi)(yi)性探(tan)針，因(yin)(yin)此無(wu)需了(le)解物(wu)種基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)或(huo)(huo)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)信息，能夠(gou)直接(jie)對(dui)任何物(wu)種進(jin)行(xing)最全面的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （2）分(fen)(fen)(fen)辨率高(gao)(gao)：可以(yi)檢(jian)測(ce)(ce)(ce)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)家族中相(xiang)(xiang)似基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)及(ji)可變(bian)剪(jian)接(jie)造成(cheng)的(de)(de)(de)單堿(jian)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)差(cha)異(yi)(yi)； （3）檢(jian)測(ce)(ce)(ce)范圍(wei)廣：從幾個(ge)到(dao)數(shu)十萬個(ge)拷貝精確(que)計數(shu)，可同(tong)時鑒定正常和稀有(you)的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)； （4）信息分(fen)(fen)(fen)析(xi)全面：可以(yi)做基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)差(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)分(fen)(fen)(fen)析(xi)、可變(bian)剪(jian)切、融(rong)(rong)合基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)析(xi)、新(xin)(xin)(xin)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)預測(ce)(ce)(ce)及(ji)注釋。 3、信息分(fen)(fen)(fen)析(xi) 3.1 標準(zhun)信息分(fen)(fen)(fen)析(xi) （1）按標準(zhun)流程進(jin)行(xing)數(shu)據(ju)整理及(ji)數(shu)據(ju)質量(liang)評估； （2）與(yu)參考序(xu)(xu)列比對(dui)，計算不(bu)同(tong)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)RPKM值； （3）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)差(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （4）樣本(ben)(ben)間(jian)(jian)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)達(da)(da)水平的(de)(de)(de)相(xiang)(xiang)關(guan)性分(fen)(fen)(fen)析(xi)（僅限(xian)(xian)于(yu)有(you)生物(wu)重復的(de)(de)(de)樣本(ben)(ben)）； （5）樣本(ben)(ben)間(jian)(jian)差(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)韋恩圖(tu)(tu)及(ji)PCA分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （6）差(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)表(biao)(biao)達(da)(da)模式(shi)聚類(lei)分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （7）差(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)GO功能富(fu)集(ji)分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （8）差(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)Pathway顯著富(fu)集(ji)分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （9）差(cha)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)蛋白質互作網(wang)絡分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （10）條件特(te)(te)異(yi)(yi)表(biao)(biao)達(da)(da)； （11）鑒定基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)可變(bian)剪(jian)切； （12）SNP/InDel分(fen)(fen)(fen)析(xi)； （13）新(xin)(xin)(xin)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)預測(ce)(ce)(ce)及(ji)注釋； （14）融(rong)(rong)合基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)(fen)(fen)析(xi)（僅限(xian)(xian)于(yu)人(ren)(ren)）； 3.2 高(gao)(gao)級信息分(fen)(fen)(fen)析(xi)： （1）基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)結構(gou)優化（只針對(dui)真核生物(wu)） （2）RNA編(bian)輯 （3）差(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)因(yin)(yin)子分(fen)(fen)(fen)析(xi)（適用(yong)于(yu)植物(wu)） 4、技(ji)術(shu)(shu)流程 5、案(an)(an)例分(fen)(fen)(fen)析(xi) 案(an)(an)例（1）科學家繪制細(xi)胞周(zhou)(zhou)期(qi)的(de)(de)(de)高(gao)(gao)分(fen)(fen)(fen)辨率轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)圖(tu)(tu)譜 細(xi)胞周(zhou)(zhou)期(qi)的(de)(de)(de)推進(jin)很大程度(du)上(shang)依賴于(yu)周(zhou)(zhou)期(qi)性基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)表(biao)(biao)達(da)(da)。本(ben)(ben)研(yan)究繪制了(le)細(xi)胞周(zhou)(zhou)期(qi)的(de)(de)(de)高(gao)(gao)分(fen)(fen)(fen)辨率轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄(lu)組(zu)圖(tu)(tu)譜，揭(jie)示了(le)周(zhou)(zhou)期(qi)性基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)與(yu)癌(ai)癥(zheng)之間(jian)(jian)的(de)(de)(de)新(xin)(xin)(xin)關(guan)聯。研(yan)究人(ren)(ren)員在兩個(ge)連續的(de)(de)(de)細(xi)胞周(zhou)(zhou)期(qi)中對(dui)人(ren)(ren)類(lei)細(xi)胞進(jin)行(xing)RNA測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)...
外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu) 外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)是指利用(yong)(yong)高(gao)(gao)(gao)效的(de)(de)序(xu)(xu)(xu)列(lie)捕獲(huo)技術(shu)將基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)中的(de)(de)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)捕獲(huo)后進行高(gao)(gao)(gao)通量測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)的(de)(de)方法。在(zai)人(ren)類基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)中大(da)約有(you)180,000個(ge)(ge)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)，雖然外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)僅占人(ren)類基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)(de)1%（約30MB），但是約85%的(de)(de)致病(bing)突變(bian)發生在(zai)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)。外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)主要用(yong)(yong)于識別和(he)研究與疾病(bing)、種群進化相關的(de)(de)編碼區(qu)(qu)及(ji)UTR區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)內的(de)(de)結構(gou)變(bian)異(yi)(yi)。結合(he)大(da)量的(de)(de)公(gong)共數(shu)(shu)(shu)據(ju)庫提供的(de)(de)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)數(shu)(shu)(shu)據(ju)，能(neng)夠更好地解釋所(suo)得(de)變(bian)異(yi)(yi)結構(gou)之間的(de)(de)關聯(lian)和(he)致病(bing)機(ji)理。相比傳(chuan)統方法，外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)能(neng)夠更經(jing)濟(ji)高(gao)(gao)(gao)效的(de)(de)檢測(ce)(ce)(ce)(ce)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)的(de)(de)變(bian)異(yi)(yi)情況，以(yi)此來為臨床診斷(duan)和(he)個(ge)(ge)體化用(yong)(yong)藥服務(wu)。外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)組(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)目(mu)前(qian)已(yi)被廣泛的(de)(de)應(ying)用(yong)(yong)于各種癌癥(zheng)、單基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)病(bing)、復雜疾病(bing)和(he)罕(han)見遺傳(chuan)病(bing)等研究中。 1、實驗(yan)方案 捕獲(huo)平臺(tai)：Agilent SureSelect Human All Exon V6（最新捕獲(huo)試劑(ji)盒(he)） 測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)策略：Illumina NextSeq 500或HiSeq 3000 PE150 數(shu)(shu)(shu)據(ju)量：推薦100×以(yi)上的(de)(de)深度(du)(du)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)，約10G clean data 2、技術(shu)優勢 （1）高(gao)(gao)(gao)覆蓋度(du)(du)：同等費用(yong)(yong)下獲(huo)得(de)更高(gao)(gao)(gao)深度(du)(du)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)，SNP檢出(chu)率99%； （2）更高(gao)(gao)(gao)通量：適(shi)合(he)大(da)樣本量的(de)(de)研究； （3）經(jing)濟(ji)高(gao)(gao)(gao)效：相比于全基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)重測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)，更加經(jing)濟(ji)、高(gao)(gao)(gao)效； （4）周(zhou)期短：加快文章發表與加速臨床應(ying)用(yong)(yong)。 3、數(shu)(shu)(shu)據(ju)分(fen)析(xi) 3.1 標(biao)(biao)準信息分(fen)析(xi) （1）按標(biao)(biao)準流程(cheng)進行數(shu)(shu)(shu)據(ju)整理及(ji)數(shu)(shu)(shu)據(ju)質(zhi)量評(ping)估(gu)； （2）與參考序(xu)(xu)(xu)列(lie)進行比對、統計(ji)(ji)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)深度(du)(du)及(ji)覆蓋度(du)(du)； （3）SNP和(he)InDel變(bian)異(yi)(yi)信息檢測(ce)(ce)(ce)(ce)； （4）SNP和(he)InDel變(bian)異(yi)(yi)所(suo)在(zai)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)功能(neng)注釋（GO、Pathway）； （5）CNV檢測(ce)(ce)(ce)(ce)和(he)注釋分(fen)析(xi)； （6）變(bian)異(yi)(yi)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)保守性預(yu)測(ce)(ce)(ce)(ce)及(ji)致病(bing)性分(fen)析(xi)（SIFT、Polyphen-2、GERP）； 3.2 高(gao)(gao)(gao)級(ji)信息分(fen)析(xi) （1）癌基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)/抑癌基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)/易感基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)篩查； （2）高(gao)(gao)(gao)頻突變(bian)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)統計(ji)(ji)及(ji)通路(lu)富(fu)集分(fen)析(xi)； （3）NMF突變(bian)特征及(ji)突變(bian)頻率分(fen)析(xi)； （4）已(yi)知(zhi)驅動基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)篩選； （5）基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)變(bian)異(yi)(yi)Circos圖展示。 4、捕獲(huo)平臺(tai)介紹 Agilent SureSelect Human All Exon V5 特點如下： （1） 捕獲(huo)范圍為50Mb，包括21,522條基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)357,999個(ge)(ge)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)； （2） 根(gen)據(ju)CCDS、RefSeq、GENECODE、miRNABase、TCGA及(ji)UCSC數(shu)(shu)(shu)據(ju)庫設計(ji)(ji)探針，可有(you)效獲(huo)得(de)外(wai)顯(xian)(xian)(xian)(xian)子(zi)(zi)(zi)(zi)(zi)區(qu)(qu)及(ji)其(qi)周(zhou)邊區(qu)(qu)域(yu)(yu)(yu)的(de)(de)變(bian)異(yi)(yi)信息。 （3）周(zhou)期短，僅需1.5天，測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)樣品便可準備(bei)就緒。 5、技術(shu)流程(cheng) 6、案例分(fen)析(xi) ...
全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)重測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu) 目前(qian)人(ren)(ren)(ren)類(lei)已知的(de)(de)(de)(de)疾(ji)病(bing)(bing)中(zhong)(zhong)，有4000多(duo)種(zhong)疾(ji)病(bing)(bing)與(yu)人(ren)(ren)(ren)類(lei)的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)有關(guan)(guan)。利用(yong)全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)重測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)的(de)(de)(de)(de)方(fang)法，可(ke)(ke)以在全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)水平上檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)與(yu)疾(ji)病(bing)(bing)相(xiang)關(guan)(guan)的(de)(de)(de)(de)突(tu)變(bian)位點、結構(gou)變(bian)異(yi)等信息(xi)，進而找尋(xun)攻克這些疾(ji)病(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)治(zhi)療手段，研發(fa)有效地治(zhi)療藥物(wu)。全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)的(de)(de)(de)(de)應用(yong)范圍涉及(ji)(ji)(ji)(ji)臨(lin)床(chuang)醫藥研究、群體(ti)遺傳(chuan)學研究、關(guan)(guan)聯分(fen)(fen)析(xi)(xi)、進化分(fen)(fen)析(xi)(xi)等眾多(duo)領(ling)域。 1、實驗方(fang)案(an) 測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)策略： illumina HiSeq X PE150 數(shu)據(ju)(ju)量(liang)：推薦腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)50×測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)深度(du)(du)(du)/對(dui)(dui)照(zhao)癌(ai)旁(pang)、血(xue)液30×測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)深度(du)(du)(du)；遺傳(chuan)病(bing)(bing)30~50×測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)深度(du)(du)(du)。 2、技術優勢(shi) （1）多(duo)種(zhong)變(bian)異(yi)檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)：單核(he)苷酸(suan)多(duo)態(tai)(tai)性（SNP）、插入缺(que)失（InDel）和(he)結構(gou)變(bian)異(yi)（SV）； （2）與(yu)芯片(pian)方(fang)法相(xiang)比，可(ke)(ke)以檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)到(dao)新的(de)(de)(de)(de)變(bian)異(yi)序(xu)(xu)(xu)(xu)列； （3）與(yu)人(ren)(ren)(ren)類(lei)全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)從頭測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)相(xiang)比，耗時更短、成(cheng)本更低。 3、數(shu)據(ju)(ju)分(fen)(fen)析(xi)(xi) 3.1 標(biao)準(zhun)信息(xi)分(fen)(fen)析(xi)(xi) （1）按標(biao)準(zhun)流程(cheng)進行數(shu)據(ju)(ju)整理(li)及(ji)(ji)(ji)(ji)數(shu)據(ju)(ju)質(zhi)量(liang)評(ping)估(gu)； （2）與(yu)參考基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)比對(dui)(dui)； （3）SNP的(de)(de)(de)(de)檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)(ji)(ji)其在基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)(fen)布； （4）InDel的(de)(de)(de)(de)檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)(ji)(ji)其在基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)(fen)布； （5）CNV的(de)(de)(de)(de)檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)及(ji)(ji)(ji)(ji)其在基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)(de)(de)分(fen)(fen)布； （6）包含變(bian)異(yi)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)功能注釋（GO注釋、Pathway注釋）。 3.2 高級信息(xi)分(fen)(fen)析(xi)(xi)（腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)學） （1）癌(ai)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)/抑(yi)癌(ai)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)/易感(gan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)篩(shai)(shai)查； （2）高頻(pin)(pin)突(tu)變(bian)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)統(tong)計及(ji)(ji)(ji)(ji)通路富集分(fen)(fen)析(xi)(xi)； （3）NMF突(tu)變(bian)特征及(ji)(ji)(ji)(ji)突(tu)變(bian)頻(pin)(pin)率分(fen)(fen)析(xi)(xi)； （4）已知驅(qu)動基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)篩(shai)(shai)選； （5）基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)變(bian)異(yi)Circos圖展(zhan)示。 4、技術流程(cheng) 5、案(an)例分(fen)(fen)析(xi)(xi) 案(an)例（1）胰腺(xian)神經(jing)(jing)內分(fen)(fen)泌(mi)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)的(de)(de)(de)(de)全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)圖譜(pu) 胰腺(xian)神經(jing)(jing)內分(fen)(fen)泌(mi)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)（PanNETs）是(shi)第二大胰腺(xian)上皮細胞腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)，致死率達60%。隨著(zhu)檢(jian)(jian)測(ce)(ce)(ce)手段越來(lai)(lai)越靈敏，胰腺(xian)神經(jing)(jing)內分(fen)(fen)泌(mi)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)診(zhen)斷數(shu)量(liang)呈現上升趨勢(shi)，這給(gei)臨(lin)床(chuang)診(zhen)療帶來(lai)(lai)了(le)(le)一(yi)定(ding)(ding)(ding)的(de)(de)(de)(de)挑戰(zhan)！在一(yi)項(xiang)新的(de)(de)(de)(de)研究中(zhong)(zhong)，研究人(ren)(ren)(ren)員揭(jie)示出正常情形下與(yu)乳腺(xian)癌(ai)、卵巢癌(ai)和(he)結腸癌(ai)相(xiang)關(guan)(guan)聯的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)變(bian)異(yi)同樣(yang)能夠促(cu)進一(yi)種(zhong)罕見的(de)(de)(de)(de)胰腺(xian)癌(ai)產生(sheng)。EWSR1與(yu)BEND2發(fa)生(sheng)體(ti)細胞融(rong)(rong)(rong)合，確(que)定(ding)(ding)(ding)BEND2為EWSR1的(de)(de)(de)(de)一(yi)個新融(rong)(rong)(rong)合基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)。發(fa)生(sheng)體(ti)細胞融(rong)(rong)(rong)合的(de)(de)(de)(de)患者，其細胞形態(tai)(tai)和(he)免(mian)疫(yi)組(zu)(zu)化特征具有典型的(de)(de)(de)(de)胰腺(xian)神經(jing)(jing)內分(fen)(fen)泌(mi)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)特征。通過(guo)RNA-seq和(he)RT–PCR確(que)認了(le)(le)EWSR1和(he)FLI1發(fa)生(sheng)體(ti)細胞融(rong)(rong)(rong)合。 圖1 胰腺(xian)神經(jing)(jing)內分(fen)(fen)泌(mi)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)突(tu)變(bian)特征 案(an)例（2）全(quan)(quan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)確(que)定(ding)(ding)(ding)EN1作為骨密度(du)(du)(du)和(he)骨折(zhe)的(de)(de)(de)(de)決定(ding)(ding)(ding)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)素 本研...
細(xi)(xi)(xi)菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)/小(xiao)(xiao)(xiao)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)(10K~1M的(de)DNA序(xu)(xu)(xu)(xu)列) 隨著新(xin)一代(dai)(dai)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)技(ji)術(shu)的(de)迅猛發展(zhan)，全基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)已經成(cheng)為細(xi)(xi)(xi)菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)研究(jiu)(jiu)(jiu)不(bu)可或(huo)缺(que)的(de)重要工具。新(xin)一代(dai)(dai)高(gao)通量(liang)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)技(ji)術(shu)大(da)大(da)降低(di)了細(xi)(xi)(xi)菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)研究(jiu)(jiu)(jiu)成(cheng)本，縮短了研究(jiu)(jiu)(jiu)周期，為實(shi)驗(yan)室的(de)細(xi)(xi)(xi)菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)研究(jiu)(jiu)(jiu)提供(gong)了便利(li)。 細(xi)(xi)(xi)菌(jun)不(bu)但個體微(wei)(wei)(wei)(wei)小(xiao)(xiao)(xiao)，其基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)也比動植物(wu)(wu)(wu)(wu)小(xiao)(xiao)(xiao)得(de)多，一般(ban)在10M以(yi)(yi)內。微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)能(neng)(neng)夠檢測(ce)(ce)(ce)(ce)微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)全基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)的(de)核苷酸變(bian)異(yi)，通過全基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)，研究(jiu)(jiu)(jiu)人(ren)員可以(yi)(yi)找到大(da)量(liang)的(de)單核苷酸多態(tai)性位(wei)點(SNP)、拷貝數(shu)變(bian)異(yi)(CNV)、插(cha)入缺(que)失(shi)(InDel)、結構(gou)變(bian)異(yi)(SV)等變(bian)異(yi)信息(xi)，應(ying)用(yong)范圍涉及臨床(chuang)醫(yi)藥研究(jiu)(jiu)(jiu)、微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)致病(bing)(bing)性研究(jiu)(jiu)(jiu)、物(wu)(wu)(wu)(wu)種進化分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)等領域。 1、實(shi)驗(yan)方案 測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)策略：Illumina MiSeq PE250/PE300 數(shu)據量(liang)：推(tui)(tui)薦測(ce)(ce)(ce)(ce)100×以(yi)(yi)上(shang) 2、數(shu)據分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) 2.1 標準信息(xi)分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （1）按標準流(liu)程(cheng)進行數(shu)據整理及數(shu)據質(zhi)量(liang)評估 （2）K-mer分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)以(yi)(yi)及基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)大(da)小(xiao)(xiao)(xiao)估計 （3）序(xu)(xu)(xu)(xu)列組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)裝 （4）組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)裝基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)的(de)深(shen)度和(he)(he)覆蓋度分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （5）組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)裝結果的(de)核酸庫(ku)比對分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （6）基(ji)(ji)因(yin)預測(ce)(ce)(ce)(ce) （7）基(ji)(ji)因(yin)功(gong)能(neng)(neng)注(zhu)釋(GO-COG/KOG) （8）基(ji)(ji)因(yin)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)通路注(zhu)釋(KEGG) 2.2 高(gao)級(ji)信息(xi)分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （1）基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)詳(xiang)細(xi)(xi)(xi)信息(xi)環(huan)形(xing)圖(tu) （2）共線性分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （3）基(ji)(ji)因(yin)家族分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) （4）CRISPR預測(ce)(ce)(ce)(ce) （5）基(ji)(ji)因(yin)島(dao)預測(ce)(ce)(ce)(ce)（毒力島(dao)） （6）前噬菌(jun)體預測(ce)(ce)(ce)(ce) （7）分(fen)(fen)(fen)(fen)泌(mi)蛋(dan)白預測(ce)(ce)(ce)(ce) （8）動植物(wu)(wu)(wu)(wu)病(bing)(bing)原菌(jun)致病(bing)(bing)性分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)等 3、技(ji)術(shu)流(liu)程(cheng) 4、案例(li)分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi) 案例(li)（1）高(gao)通量(liang)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)發現(xian)新(xin)細(xi)(xi)(xi)菌(jun) 德國微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)學與細(xi)(xi)(xi)胞培養研究(jiu)(jiu)(jiu)所(suo)微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)系最近從咸水(shui)環(huan)境微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)墊(dian)的(de)低(di)氧過渡區中分(fen)(fen)(fen)(fen)離培養獲得(de)了一種中度嗜鹽，專(zhuan)(zhuan)性厭氧，分(fen)(fen)(fen)(fen)解糖類的(de)細(xi)(xi)(xi)菌(jun)，并編碼代(dai)(dai)號(hao)為L12-Fru-ABT。利(li)用(yong)16s測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)后發現(xian)該微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)應(ying)該代(dai)(dai)表著一個新(xin)的(de)種屬，研究(jiu)(jiu)(jiu)發現(xian)該菌(jun)在各(ge)種缺(que)/微(wei)(wei)(wei)(wei)氧環(huan)境中都(dou)廣(guang)泛存在，比如咸水(shui)環(huan)境，沸水(shui)和(he)(he)動物(wu)(wu)(wu)(wu)腸道；隨后，研究(jiu)(jiu)(jiu)人(ren)員利(li)用(yong)全基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)方法對該菌(jun)進行基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)序(xu)(xu)(xu)(xu)列分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)，結合該菌(jun)的(de)表型，推(tui)(tui)斷出L12-Fru-ABT該菌(jun)及其相關細(xi)(xi)(xi)菌(jun)是能(neng)(neng)夠專(zhuan)(zhuan)門適(shi)應(ying)和(he)(he)利(li)用(yong)微(wei)(wei)(wei)(wei)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)墊(dian)或(huo)生(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)膜產生(sheng)的(de)硫酸化的(de)甘油聚合物(wu)(wu)(wu)(wu)。 圖(tu)1 基(ji)(ji)于16s rRNA基(ji)(ji)因(yin)測(ce)(ce)(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)(xu)的(de)L21-Fru-ABT在發育樹的(de)位(wei)置(zhi)圖(tu) 圖(tu)2 K.glycovorans L21-Fru-ABT和(he)(he)幾個PVC superphylum的(de)代(dai)(dai)表性細(xi)(xi)(xi)菌(jun)的(de)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)(zu)系統發育構(gou)成(cheng)成(cheng)分(fen)(fen)(fen)(fen) 案例(li)...
免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)測(ce)(ce)(ce)序(xu)（華銀(yin)特色(se)服務項目(mu)） 免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)（Immune Repertoire，IR）是(shi)指(zhi)某個個體(ti)在任何特定(ding)時(shi)間點其(qi)循環系統中所有功(gong)能多樣(yang)性(xing)(xing)(xing)B淋(lin)巴細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)(he)T淋(lin)巴細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)總和(he)(he)(he)。T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)(he)B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)分(fen)別(bie)介導機體(ti)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)和(he)(he)(he)體(ti)液免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)應答，分(fen)別(bie)通(tong)(tong)(tong)過(guo)其(qi)表面(mian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)受(shou)體(ti)（TCR）和(he)(he)(he) B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)受(shou)體(ti)（BCR）來(lai)識別(bie)和(he)(he)(he)結(jie)(jie)合抗(kang)(kang)原，進(jin)(jin)而發揮功(gong)能清(qing)除病(bing)(bing)(bing)(bing)(bing)原體(ti)或(huo)體(ti)內腫瘤細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)。 免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)高(gao)通(tong)(tong)(tong)量測(ce)(ce)(ce)序(xu)是(shi)通(tong)(tong)(tong)過(guo)多重(zhong)PCR或(huo)SMART RACE法擴(kuo)(kuo)增(zeng)(zeng)TCR/BCR全長或(huo)CDR3區序(xu)列（主要(yao)是(shi)TCR的(de)(de)(de)(de)(de)(de)β鏈(lian)(lian)或(huo)BCR的(de)(de)(de)(de)(de)(de)重(zhong)鏈(lian)(lian)），再結(jie)(jie)合高(gao)通(tong)(tong)(tong)量測(ce)(ce)(ce)序(xu)技(ji)術，對機體(ti)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)多樣(yang)性(xing)(xing)(xing)及每種 T、B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)克隆的(de)(de)(de)(de)(de)(de)獨特性(xing)(xing)(xing)序(xu)列組(zu)(zu)(zu)成(cheng)和(he)(he)(he)變化(hua)進(jin)(jin)行分(fen)析(xi)，從而全面(mian)評估機體(ti)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)狀態，明確疾病(bing)(bing)(bing)(bing)(bing)與T、B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)克隆組(zu)(zu)(zu)成(cheng)及變化(hua)之間的(de)(de)(de)(de)(de)(de)關(guan)系。隨著免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)高(gao)通(tong)(tong)(tong)量測(ce)(ce)(ce)序(xu)技(ji)術的(de)(de)(de)(de)(de)(de)不斷發展(zhan)(zhan)和(he)(he)(he)成(cheng)熟，基于(yu)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)多樣(yang)性(xing)(xing)(xing)變化(hua)特點的(de)(de)(de)(de)(de)(de)生物標志物發現、腫瘤等(deng)疾病(bing)(bing)(bing)(bing)(bing)療效預測(ce)(ce)(ce)、疾病(bing)(bing)(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)易感性(xing)(xing)(xing)和(he)(he)(he)抵抗(kang)(kang)性(xing)(xing)(xing)、感染性(xing)(xing)(xing)疾病(bing)(bing)(bing)(bing)(bing)及疫(yi)(yi)苗研(yan)(yan)(yan)究等(deng)方面(mian)都取(qu)得了重(zhong)要(yao)進(jin)(jin)展(zhan)(zhan)。 1、實驗(yan)方案 測(ce)(ce)(ce)序(xu)平臺(tai)： Illumina MiSeq PE300 或(huo) NextSeq 500 PE150 2、樣(yang)本要(yao)求(qiu) （1）分(fen)選的(de)(de)(de)(de)(de)(de)T或(huo)B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)：建(jian)(jian)議細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)數103-107個，離心后(hou)(hou)(hou)保(bao)(bao)存(cun)(cun)于(yu)1ml Trizol中并混勻(yun)，低(di)溫(wen)(wen)保(bao)(bao)存(cun)(cun)運(yun)輸(shu)。 （2）外周(zhou)(zhou)血(xue)單個核細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（PBMC）：建(jian)(jian)議細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)數103~107個，離心后(hou)(hou)(hou)保(bao)(bao)存(cun)(cun)于(yu)1ml Trizol中并混勻(yun)，低(di)溫(wen)(wen)保(bao)(bao)存(cun)(cun)運(yun)輸(shu)。 （3）新鮮全血(xue)：采集外周(zhou)(zhou)血(xue)于(yu)EDTA抗(kang)(kang)凝管(guan)內，混勻(yun)后(hou)(hou)(hou)取(qu) 250μl，保(bao)(bao)存(cun)(cun)于(yu)750μl Trizol LS并混勻(yun)，低(di)溫(wen)(wen)保(bao)(bao)存(cun)(cun)運(yun)輸(shu)。 （4）組(zu)(zu)(zu)織(zhi)：取(qu)50~100mg組(zu)(zu)(zu)織(zhi)，保(bao)(bao)存(cun)(cun)于(yu)1ml Trizol中，低(di)溫(wen)(wen)保(bao)(bao)存(cun)(cun)運(yun)輸(shu)。 （5） 如(ru)果(guo)(guo)客戶自提(ti) RNA，建(jian)(jian)議最好用(yong)(yong)進(jin)(jin)口(kou)試劑或(huo)試劑盒提(ti)取(qu)，最后(hou)(hou)(hou)溶于(yu)無(wu)RNA酶的(de)(de)(de)(de)(de)(de)水中。如(ru)果(guo)(guo)是(shi)分(fen)離的(de)(de)(de)(de)(de)(de)PBMC，RNA濃(nong)度(du)大(da)(da)于(yu)50ng/μL，總量大(da)(da)于(yu)500ng。如(ru)果(guo)(guo)用(yong)(yong)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)提(ti) RNA，濃(nong)度(du)＞500ng/μL，總量＞5μg。 3、技(ji)術優勢 （1）用(yong)(yong)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)擴(kuo)(kuo)增(zeng)(zeng)最可(ke)(ke)靠(kao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)SMART RACE法，保(bao)(bao)證結(jie)(jie)果(guo)(guo)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)(ke)靠(kao)性(xing)(xing)(xing)和(he)(he)(he)后(hou)(hou)(hou)期研(yan)(yan)(yan)究的(de)(de)(de)(de)(de)(de)方便性(xing)(xing)(xing)； （2）用(yong)(yong)最優選最可(ke)(ke)靠(kao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)擴(kuo)(kuo)增(zeng)(zeng)和(he)(he)(he)建(jian)(jian)庫(ku)(ku)(ku)試劑，保(bao)(bao)證組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)序(xu)列擴(kuo)(kuo)增(zeng)(zeng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)保(bao)(bao)真(zhen)性(xing)(xing)(xing)和(he)(he)(he)擴(kuo)(kuo)增(zeng)(zeng)效率； （3）由武漢大(da)(da)學(xue)、中山大(da)(da)學(xue)、南方醫科大(da)(da)學(xue)以(yi)及美國(guo)斯(si)坦福(fu)大(da)(da)學(xue)研(yan)(yan)(yan)究人(ren)員組(zu)(zu)(zu)成(cheng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)專業的(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)(yan)究和(he)(he)(he)分(fen)析(xi)團隊，保(bao)(bao)證研(yan)(yan)(yan)究結(jie)(jie)果(guo)(guo)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)(ke)信度(du)和(he)(he)(he)可(ke)(ke)重(zhong)復性(xing)(xing)(xing)； （4）針對不同樣(yang)品類型（細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)、組(zu)(zu)(zu)織(zhi)、全血(xue)），不同濃(nong)度(du)梯度(du)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)數（100個以(yi)上(shang)淋(lin)巴細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)）均(jun)可(ke)(ke)建(jian)(jian)庫(ku)(ku)(ku)測(ce)(ce)(ce)序(xu)； （5）運(yun)用(yong)(yong)國(guo)際認可(ke)(ke)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)專業的(de)(de)(de)(de)(de)(de)免(mian)(mian)(mian)疫(yi)(yi)組(zu)(zu)(zu)庫(ku)(ku)(ku)分(fen)析(xi)模塊，并結(jie)(jie)合我們自己(ji)獨有的(de)(de)(de)(de)(de)(de)生物信息分(fen)析(xi)算法，所提(ti)供的(de)(de)(de)(de)(de)(de)標準...
